Olá Ana, tudo bem?
No FGTS Digital, a identificação do empregado é feita exclusivamente pelo CPF, não sendo mais necessária a utilização obrigatória do PIS para esse fim. Por isso, não é preciso retificar nada no FGTS Digital. Caso haja divergência no PIS/NIS do trabalhador, a correção deve ser feita diretamente na Caixa Econômica Federal, por meio de uma RDT (Retificação de Dados do Trabalhador), para retificar ou unificar as contas vinculadas.
Espero ter ajudado.