Olá João, tudo bem?
Nesse caso, o caminho mais seguro é primeiro regularizar toda a base do e-Social, ou seja, ajustar todas as competências em atraso desde 2015, conferindo salário, férias, 13º e demais eventos, e realizar o fechamento dessas folhas no sistema. Isso é importante porque garante que os valores de FGTS e INSS sejam apurados corretamente e evita inconsistências futuras. Após essa regularização, você pode definir junto ao cliente a melhor estratégia de pagamento, sendo comum priorizar o FGTS por conta do desligamento futuro (principalmente pela multa de 40% e necessidade de saldo correto), deixando o INSS para parcelamento ou regularização posterior, se for o caso. Não é recomendável ir pagando apenas o FGTS mês a mês sem ajustar a folha, pois isso pode gerar divergências no e-Social e problemas no cálculo da rescisão. Sobre não aparecer débito no e-CAC, isso geralmente ocorre porque a dívida ainda não foi constituída, ou seja, as informações não foram devidamente consolidadas no sistema. Resumindo, o ideal é primeiro regularizar todas as competências e depois decidir o que será pago, garantindo segurança no processo e evitando problemas no desligamento.
Espero ter ajudado.