Olá Gabriela, tudo bem?
Se a rescisão foi calculada com o salário correto, basta atualizar o valor na CTPS para que as informações fiquem coerentes.
Porém, se a rescisão foi feita com o salário incorreto (a menor), é necessário realizar uma rescisão complementar, ajustando o salário e pagando as diferenças das verbas rescisórias antes de corrigir a CTPS.
Espero ter ajudado.