Bom dia, Fernando,
Bom dia.
O ajuste que você precisa fazer não é no M220 e M620. Esses registros servem para ajustes na base de cálculo da contribuição apurada no regime não cumulativo, relacionados a diferimento e retenção na fonte, ou seja, tratam do débito, e não do crédito.
Para o seu caso, que é uma redução de crédito já apropriado em função da devolução da mercadoria ao fornecedor, o caminho correto é utilizar os registros M110 e M115 para o PIS, e M510 e M515 para a COFINS.
O registro M110 (e o M510 para COFINS) é destinado justamente aos ajustes de acréscimo ou redução do crédito apurado no período. Como a devolução ocorreu em julho mas o crédito foi tomado em junho, você vai lançar um ajuste de redução no período de apuração de julho, informando no M115 e no M515 o detalhamento desse ajuste, incluindo o valor a ser estornado e o período de apuração ao qual o crédito original se refere, que no caso é junho.
Sobre o valor do ajuste, ele deve corresponder ao crédito efetivamente tomado sobre a mercadoria devolvida, calculado pelas alíquotas que sua empresa utilizou para se creditar, ou seja, 1% de PIS e 4,6% de COFINS sobre o valor da mercadoria devolvida, e não pelas alíquotas destacadas na nota de devolução. O fato de a nota de devolução ter sido emitida com destaque de 0,65% e 3% é esperado, já que a devolução normalmente reflete a tributação da operação original de compra sob a ótica de quem a está devolvendo, mas isso não altera o valor do crédito que precisa ser estornado na escrituração, que deve ser proporcional ao benefício efetivamente aproveitado.
Um ponto importante é escolher corretamente o código de ajuste dentro da tabela utilizada nos registros M115 e M515, que classifica a natureza do ajuste como redução decorrente de estorno de crédito. Como essa tabela pode ter pequenas atualizações de tempos em tempos, recomendo confirmar o código vigente no Guia Prático da EFD-Contribuições disponível no site do SPED, para garantir que está usando a classificação mais atual.
