Olá, bom dia!
O cálculo em si, segue a sistemática padrão. Porém, você deve segregar as receitas: O que é serviço, é serviço. O que é comércio, é comércio. Os valores serão preenchidos cada um no seu campo específico no PGDAS, assim como a atividade escolhida.
E cada atividade terá a sua alíquota, conforme a tabela aplicável (comércio e serviços).
E ao final, o sistema soma os dois cálculos, a fim de gerar uma guia apenas, para pagamento do Simples Nacional. Mas a base de fato, é feito de forma segregada, e depois é somado para gerar a guia.
Espero ter ajudado.