Olá, bom dia!
O correto seria lançar os rendimentos conforme a atividade, a partir do momento em que a empresa passa a ser do Simples Nacional.
Quanto a RBT12, o sistema vai solicitar que você preencha o faturamento bruto mês a mês, de um ano atrás, até aquele momento.
E a partir das próximas declarações, o próprio sistema vai realizando os cálculos.
Mas via de regra, o cálculo seria obtido considerando o faturamento de cada atividade em separado, mesmo que tudo seja gerado em uma única guia.
Espero ter ajudado.