Bom dia!
Não tecnicamente. O ICMS Substituição Tributária (ICMS-ST) ocorre quando uma lei atribui a um terceiro a responsabilidade de pagar o imposto devido pelo prestador ou vendedor.
No transporte rodoviário de cargas, quando o serviço começa em outro estado, o imposto é devido ao estado de origem (onde a carga é coletada).
Se a sua empresa (a transportadora) emite o CT-e e paga a guia (GNRE) em seu próprio nome, trata-se de ICMS Próprio, apenas devido a outro estado.
O ICMS-ST no transporte geralmente ocorre apenas quando o contratante do serviço (o tomador) é eleito pela lei como responsável por reter e recolher o imposto no lugar da transportadora.
No regime do Lucro Presumido, a base de cálculo é uma estimativa da margem de lucro aplicada sobre a Receita Bruta.
ICMS Próprio (Devido na Origem): Segundo o entendimento consolidado da Receita Federal (Parecer Normativo CST nº 7/1986 e soluções de consulta recentes), o ICMS que incide sobre a prestação de serviço faz parte do preço e, portanto, integra a receita bruta. No Lucro Presumido, não é permitida a dedução do ICMS destacado na nota/CT-e da base de cálculo do IRPJ e da CSLL, independentemente de ser devido ao estado de sede ou ao de origem.
ICMS-ST (Quando a empresa é substituta): Apenas os valores recebidos a título de substituição tributária (onde você cobra o imposto do cliente para repassar ao governo) podem ser excluídos da receita bruta, pois não pertencem à empresa, mas sim ao Estado.
Espero ter ajudado.