Bom dia!
Sim, o seu entendimento está correto. Em uma empresa no Lucro Real (Regime Não Cumulativo), o PIS e a COFINS retidos na fonte sobre os serviços que você presta funcionam como uma antecipação do tributo devido.
Portanto, o cálculo não se resume apenas a deduzir créditos sobre notas fiscais de entrada (serviços tomados).
Espero ter ajudado.