Boa noite!
Ao enviar o MIT, no E-cac, você consegue emitir esse DARF unificado (juntando os dois tributos) e efetuar o pagamento em guia única. Sugiro que vá por este caminho.
Em casos que de fato não dê para emitir a guia, aí o saldo acumula para ser gerado na guia seguinte.
Espero ter ajudado.
