A retenção só existe, e só pode ser compensada no mês em que ocorre o pagamento, não no mês de emissão da nota fiscal.
A compensação dos valores retidos na fonte deve ser feita no período de apuração em que ocorrer o recebimento do serviço, e não no mês de emissão da nota. No seu exemplo, como a nota foi emitida em maio e o pagamento ocorreu em junho, a compensação deve ser realizada na apuração de junho. Isso ocorre porque o fato gerador das retenções federais (art. 30 da Lei nº 10.833/2003) ocorre efetivamente quando o tomador realiza o pagamento. O prestador só pode deduzir esse PIS e COFINS retido contra seus próprios débitos dos impostos no momento em que a receita é recebida.
Por quê:
O fato gerador da retenção de PIS/COFINS (art. 30 da Lei nº 10.833/03, regulamentado pela IN SRF nº 459/2004) é o pagamento feito pelo tomador ao prestador, e não a emissão do documento fiscal nem o regime de competência da receita. Enquanto a nota não é paga, não existe retenção nenhuma a compensar, ainda que a receita já tenha sido reconhecida contabilmente no mês da emissão.
A norma (IN SRF 459/2004, com as alterações posteriores) estabelece que os valores retidos poderão ser deduzidos das contribuições devidas relativamente ao mesmo mês da retenção — ou seja, o mês em que o tomador efetivamente pagou e reteve.
No seu exemplo:
NF emitida em maio (receita reconhecida em maio, pelo regime de competência do Lucro Presumido);
Pagamento e retenção ocorrendo em junho.
A empresa reconhece a receita e apura PIS/COFINS cheios (0,65% e 3%) sobre o faturamento de maio, sem nenhuma dedução, pois a retenção ainda não ocorreu.
Somente na apuração de junho, mês em que a retenção efetivamente aconteceu é que o valor retido poderá ser deduzido do PIS/COFINS devido naquele mês.
Pontos práticos importantes:
Se o valor retido em junho for maior que o PIS/COFINS devido em junho, o excedente não se perde: pode ser deduzido em meses subsequentes, ou ainda restituído/compensado com outros tributos administrados pela Receita Federal (art. 24 da IN RFB, redação atual).
Isso gera um descasamento temporal entre o mês de reconhecimento da receita (competência) e o mês de aproveitamento da retenção (caixa/pagamento), é um ponto de atenção comum em conciliações de PIS/COFINS, principalmente quando há inadimplência ou atraso no pagamento por parte do tomador.