Olá Flavio
Sim, hoje existem várias formas de automatizar o lançamento manual de ISS tomado nos portais das prefeituras. O melhor cenário é quando a prefeitura possui integração via API/WebService, porque aí sistemas fiscais e ERPs conseguem importar XML automaticamente, escriturar ISS, calcular retenções e até gerar guias sem digitação manual.
Quando a prefeitura não oferece integração boa, muitas empresas usam RPA (robôs de automação) que fazem login no portal e lançam as notas automaticamente como se fosse um usuário humano.
Também existem plataformas especializadas em integração de NFS-e, que centralizam integrações com centenas de municípios e costumam resolver muito bem para escritórios contábeis. Se o problema principal for apenas a digitação repetitiva, normalmente um robô RPA já resolve grande parte do trabalho rapidamente.
Espero ter ajudado.
