Olá, bom dia!
Dependendo do sistema utilizado no interior do estabelecimento, ele faz a baixa do estoque no momento da emissão da nota. Mas depende do sistema.
Seria interessante verificar como o seu sistema atua nesse sentido, ou se for o caso, planejar o inventário de estoques com alguma frequência, por exemplo.
Espero ter ajudado.