Olá, boa tarde!
Sim, cada filial terá seu próprio CNPJ, que será utilizado para compras e vendas.
Já na apuração, no PGDAS, é tudo concentrado, ou seja, você precisa ter a apuração de cada um dos CNPJ, para fazer em uma única apuração do PGDAS. No momento de gerar a DAS, você precisa distinguir cada empresa, com o seu respectivo faturamento e atividade. E ao final, o sistema gera uma guia única integralizando matriz e filial.
Espero ter ajudado.