Olá Emili
No Lucro Presumido, a empresa que compra e revende veículos tem a contabilidade feita pelo método tradicional de estoque: registra a compra do veículo pelo valor pago, a venda pelo valor de saída e reconhece o custo na baixa do estoque, resultando no lucro contábil real da operação (diferença entre venda e custo). No seu exemplo, compra por R$ 60.000 e venda por R$ 63.500 gera um lucro contábil de R$ 3.500 na ECD. Porém, para fins fiscais no Lucro Presumido, o IRPJ e a CSLL não são calculados sobre esse lucro, e sim sobre a receita bruta da venda (R$ 63.500), aplicando os percentuais de presunção (8% para IRPJ e 12% para CSLL no comércio), independentemente do resultado contábil. Assim, o lucro de R$ 3.500 existe na contabilidade e na ECD, mas não é a base de tributação na ECF do Lucro Presumido, que segue a regra da receita bruta presumida.
Espero ter ajudado.