Bom dia!
Não haverá duplicidade de tributação, já que o fato gerador é apenas um.
Com a prestação realizada, é emitida a nota fiscal, de acordo com os procedimentos internos de cada empresa. E com base na nota emitida, temos o fato gerador dos tributos incidentes na operação.
A regra é que toda prestação de serviço ou venda de mercadoria, precisa ser acompanhada de nota fiscal. Esse seria o ponto mais importante.
Temos algumas aulas para te auxiliar:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/157547-nota-fiscal-eletronica
Espero ter ajudado.