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Sim. O estabelecimento industrial pode se creditar do IPI destacado nas aquisições de matérias-primas, produtos intermediários e materiais de embalagem efetivamente aplicados na industrialização, desde que atendidos os requisitos gerais de creditamento, e o fato de o produto final sair à alíquota zero não impede, por si só, a manutenção desses créditos. O fundamento direto é o art. 11 da Lei nº 9.779/1999, que expressamente contempla a industrialização de produto isento ou tributado à alíquota zero.
No caso específico, o NCM 0901.21.00, café torrado não descafeinado, está atualmente sujeito à alíquota zero de IPI na TIPI, e o RIPI considera como estabelecimento industrial aquele que realiza industrialização de produto tributado, inclusive quando a tributação resulta em alíquota zero. Portanto, não há, pelo simples fato de ser café com alíquota zero, uma vedação específica ao crédito dos insumos.
Consequentemente, os créditos legítimos de IPI dos materiais de embalagem e demais insumos que se enquadrem nas hipóteses legais podem ser mantidos na escrita fiscal. O ponto de atenção é que não basta o fornecedor destacar IPI, sendo necessário que o item adquirido seja efetivamente matéria-prima, produto intermediário ou material de embalagem e seja aplicado na industrialização, observando também as demais regras do RIPI.
Quanto ao saldo credor, o art. 11 da Lei nº 9.779/1999 permite que o saldo acumulado em cada trimestre-calendário, decorrente dessas aquisições e que não possa ser compensado com IPI devido nas saídas de outros produtos, seja utilizado na forma dos arts. 73 e 74 da Lei nº 9.430/1996, observadas as normas da Receita Federal. O RIPI reproduz essa possibilidade em seu art. 256, §2º, permitindo a utilização conforme os procedimentos próprios de ressarcimento e compensação.
Portanto, para essa indústria de café, o entendimento é pela possibilidade de apropriação e manutenção dos créditos de IPI dos insumos elegíveis, mesmo com a saída do café a 0%, inclusive com possibilidade de ressarcimento/compensação do saldo credor acumulado nas condições legais. Não identifico, nas disposições específicas do NCM 0901.21.00, uma regra que afaste o direito previsto no art. 11 da Lei nº 9.779/1999.

