Boa tarde Rodrigo!
Pelo que entendo, a princípio, é possível realizar a exclusão. OSTJ consolidou, em caráter não vinculante, o entendimento de que a União não pode tributar os créditos presumidos de ICMS, sob pena de esvaziar o benefício concedido pelo Estado e ferir o pacto federativo.
No entanto, a Receita Federal publicou a Solução de Consulta COSIT nº 216/2025 e o Ato Declaratório Executivo correspondente, determinando que, após a entrada em vigor da Lei nº 14.789/2023, todos os incentivos de ICMS (incluindo o crédito presumido) devem compor a base de cálculo, sem distinção se constituem custeio ou investimento.
Pelo que consegui encontrar de novidades sobre o tema, a matéria está com repercussão geral no STJ (Tema 1416, Afetação 576), cujo julgamento visa unificar a tese sobre os regimes anteriores e posteriores à lei de 2023. Portanto, realizar a exclusão atualmente significa assumir um risco de autuação pela Receita Federal, exigindo suporte jurídico.
Espero ter ajudado.