Bom dia, Monique,
Para a venda de fertilizantes com NCM 3101.00.00 por empresa optante pelo Lucro Presumido, com aplicação de alíquota reduzida conforme o Decreto 12.808/2025, o CST correto para PIS e COFINS é o CST 02 - Operação Tributável com Alíquota Diferenciada.
O CST 02 é justamente o código usado quando a operação é tributável, mas com uma alíquota diferente da alíquota padrão prevista para o regime de apuração da empresa. Como o Decreto 12.808/2025 estabelece uma alíquota reduzida específica para essa NCM, a venda não é isenta e nem tem alíquota zero, ela continua sendo uma operação tributada, só que com um percentual menor. Por isso o CST 01 (alíquota básica) não se aplica, e o CST 07/08/09 (para não cumulativo com créditos) também não, pois a empresa está no regime cumulativo.
Resumindo: empresa no Lucro Presumido, regime cumulativo de PIS/COFINS, vendendo produto com alíquota reduzida por decreto, usa CST 02 tanto para PIS quanto para COFINS.
Vale sempre confirmar se o decreto em questão não trouxe alguma tabela de CST específica em seu texto ou em ato normativo complementar da Receita Federal, mas pela regra geral da legislação de PIS/COFINS, o CST 02 é o adequado para esse caso.
