Bom dia, Briane,
Esse caso realmente reúne vários problemas em cadeia, mas dá para organizar o raciocínio separando cada obrigação que ficou pendente, porque as consequências e as formas de regularização são diferentes para cada uma.
Primeiro ponto, o erro na nota fiscal quanto à transportadora indicada. Como a mercadoria já foi entregue e a operação já se completou, normalmente o instrumento cabível para esse tipo de erro é a Carta de Correção Eletrônica, a chamada CC-e. Ela pode ser usada para corrigir dados que não alterem a base de cálculo do imposto, o valor da operação, a data de emissão ou de saída, ou a identificação das partes principais da operação, que são emitente e destinatário. A informação da transportadora costuma ser tratada como dado complementar, então na prática a maioria dos Fiscos aceita a correção via CC-e nesses casos, desde que não haja reflexo em tributação, como ocorreria se o frete estivesse embutido no valor da nota e vinculado à transportadora errada. Vale confirmar esse entendimento no Sintegra ou no portal da SEFAZ do estado de origem da nota, porque pode haver alguma particularidade estadual sobre o assunto.
Sobre o CT-e não emitido, esse é o ponto mais delicado. O CT-e deveria ter sido emitido antes do início da prestação do serviço de transporte, e não existe uma forma de emissão retroativa que "corrija" essa falha, porque o documento sempre é gerado com a data e hora reais da emissão, mesmo que o transporte já tenha ocorrido antes. Ainda assim, a orientação de mercado e a prática mais segura é emitir o CT-e agora, mesmo em atraso, descrevendo a prestação efetivamente realizada. Isso porque a ausência total do documento fiscal é uma irregularidade mais grave do que a emissão fora do prazo, já que caracteriza prestação de serviço de transporte sem documento fiscal, o que em uma fiscalização pode gerar apreensão de mercadoria, autuação por descumprimento de obrigação principal e não apenas acessória, além da multa pelo atraso em si. Emitindo agora, ainda que tardiamente, a transportadora regulariza a operação perante o Fisco e reduz a exposição a penalidades mais severas.
O mesmo raciocínio vale para o MDF-e, o Manifesto Eletrônico de Documentos Fiscais, que também deveria ter sido emitido antes do início do trajeto, vinculado ao CT-e. Assim que o CT-e for emitido, o ideal é gerar também o MDF-e correspondente, para manter a documentação da viagem completa e coerente entre si.
Quanto ao CIOT, ele é exigido quando há contratação de transportador autônomo de carga, servindo para comprovar a operação de transporte perante a Agência Nacional de Transportes Terrestres e viabilizar a liberação do vale-pedágio obrigatório previsto na legislação do motorista. O fato de o motorista ter passado pelo vale-pedágio sugere fortemente que havia sim essa relação com autônomo e que o CIOT deveria ter sido gerado antes do início da viagem, já que o próprio sistema de liberação do pedágio normalmente depende dessa geração prévia. Também aqui não existe uma emissão retroativa que reproduza exatamente o fluxo correto, mas o ideal é buscar orientação diretamente com a ANTT ou com o operador de vale-pedágio utilizado, para verificar se é possível registrar a operação de forma extemporânea e evitar acúmulo de irregularidades relacionadas a esse mesmo transporte.
Por fim, um ponto importante para a transportadora considerar é a possibilidade de denúncia espontânea, prevista no artigo 138 do Código Tributário Nacional. Se a regularização de todos esses documentos for feita antes de qualquer início de fiscalização ou notificação por parte do Fisco, pode-se argumentar a favor da dispensa de multa, já que a espontaneidade na correção é justamente o que esse instituto busca incentivar. Isso não é garantia automática, porque depende da legislação específica do estado quanto ao ICMS e às obrigações relacionadas ao transporte, mas é um fundamento relevante para reduzir o risco de penalidade, especialmente quando a regularização ocorre rapidamente após a identificação do problema.
Recomendo que a transportadora busque a orientação de um contador ou advogado tributário para levantar as multas específicas previstas na legislação do estado onde ocorreu a operação, já que os valores e os enquadramentos variam bastante entre as unidades federativas.
