Olá Daiane
Se a empresa apurou prejuízo e, por isso, não houve IRPJ e CSLL a pagar no trimestre, normalmente não é necessário enviar uma declaração específica apenas para informar esses tributos zerados. A MIT deve conter apenas os tributos que geraram débito no período, então, se você informou somente PIS e COFINS porque havia valores a recolher, isso está coerente. As informações sobre o prejuízo e a ausência de IRPJ e CSLL serão demonstradas posteriormente na ECF e, quando obrigatória, também na ECD. Apenas vale confirmar o regime tributário da empresa, pois no Lucro Presumido o prejuízo contábil não necessariamente elimina a tributação de IRPJ e CSLL, enquanto no Lucro Real isso pode ocorrer normalmente em razão do prejuízo fiscal.
Espero ter ajudado.