Bom dia, Thiago,
Essa é uma situação relativamente comum em transportadoras que operam com diferimento nas operações internas, e o tratamento correto envolve alguns cuidados específicos, já que o CT-e realmente não admite cancelamento depois do prazo regulamentar, que no caso do Mato Grosso, como na maioria dos Estados, é bastante curto e já se esgotou considerando a data de emissão informada.
O primeiro ponto importante é entender que a Carta de Correção Eletrônica não é o instrumento adequado aqui. A CC-e serve para corrigir informações que não alterem os valores do documento, a base de cálculo, alíquotas, o CST utilizado ou qualquer dado que tenha reflexo tributário. Como o erro envolve justamente o CST e o destaque indevido de ICMS, esse tipo de correção está fora do alcance da carta de correção, e utilizá-la para esse fim não teria validade perante o fisco.
O caminho correto, nesses casos, é a emissão de um CT-e de anulação de valores, que é o documento próprio previsto na legislação do CT-e para corrigir valores lançados incorretamente em um documento fiscal já emitido e que não pode mais ser cancelado. Esse CT-e de anulação deve referenciar o CT-e original, indicando que o ICMS destacado deve ser anulado, já que a operação estava efetivamente amparada pelo diferimento e não deveria ter tido o imposto destacado. É recomendável, junto a essa emissão, formalizar uma comunicação espontânea à SEFAZ do Mato Grosso relatando o erro operacional, o que costuma ser importante para demonstrar boa fé e evitar questionamentos futuros em uma eventual fiscalização.
Quanto à necessidade de recolhimento, a resposta depende de como o Estado do Mato Grosso trata esse destaque indevido em termos de exigibilidade do imposto declarado em documento fiscal. Em diversos Estados, o entendimento é de que o valor destacado em documento fiscal gera uma presunção de débito, mesmo quando a operação está amparada por diferimento, até que essa informação seja devidamente corrigida através do procedimento próprio, que no caso do CT-e é a anulação de valores que mencionei. Ou seja, enquanto o documento permanecer com o destaque incorreto sem a devida regularização, existe risco de a Receita entender que há um débito de ICMS a recolher relativo àquela operação. Uma vez emitido corretamente o CT-e de anulação e feita a comunicação à SEFAZ, o entendimento tende a ser de que o diferimento prevalece e não há imposto a pagar, já que a operação em si sempre esteve amparada pelo benefício, apenas o documento é que não refletiu isso corretamente.
Como se trata de um procedimento com particularidades que podem variar conforme orientação específica da SEFAZ do Mato Grosso, recomendo fortemente que antes de formalizar a anulação vocês consultem o Regulamento do ICMS do Estado, verificando também se existe algum ato normativo ou manual de orientação específico da SEFAZ-MT tratando da anulação de valores em CT-e, já que alguns Estados exigem procedimentos administrativos complementares, como abertura de processo ou protocolo específico, além da emissão do documento eletrônico de anulação. Vale também revisar com atenção o histórico da apuração de junho para garantir que, caso algum valor tenha sido lançado a débito por conta desse destaque incorreto, ele seja adequadamente ajustado depois da regularização.
