Boa tarde!
Entendo que sim, há risco concreto de autuação. Os fiscos (Estadual e Federal) realizam cruzamentos automáticos entre o XML das notas, a EFD-ICMS/IPI e a EFD-Contribuições. Se o totalizador de receitas não bater e o Sped Fiscal apresentar valor a menor, a Receita pode presumir omissão de receita e sonegação.
A divergência entre as declarações geralmente ocorre devido a regras distintas de preenchimento, cancelamentos de notas não informados adequadamente ou tratamentos específicos do setor. É importante consultar se possui alguma informação divergente nos arquivos a serem validados.
Espero ter ajudado.