Boa noite!
A transferência de crédito acumulado de ICMS entre filial e matriz no Estado de São Paulo exige autorização prévia da SEFAZ e não pode ser feita apenas pela emissão de nota fiscal. É preciso formalizar a apropriação e a transferência no sistema próprio, pois saldo credor simples e crédito acumulado possuem regras distintas.
Por conta disso, sugiro que entre em contato com o fisco estadual, para que tenha um respaldo sobre o caso.
Espero ter ajudado.