Desculpa a demora, mais fiz uma pesquisa sobre esse mesmo assunto e vou organizar a resposta pelos quatro pontos que você levantou, já que há uma base normativa bem consolidada para agências de viagem no Simples Nacional.
1. Base legal: a receita tributável é mesmo só a comissão
Isso está correto e é pacífico. Pela Resolução CGSN nº 140/2018, a receita auferida por agência de viagem e turismo corresponderá à comissão ou ao adicional percebido, quando houver somente a intermediação de serviços turísticos prestados por conta e em nome de terceiros, incluindo a totalidade dos valores apenas nos demais casos. Esse entendimento também está na Solução de Divergência Cosit nº 3/2012, que resguarda que a receita para fins de tributação do Simples Nacional do contribuinte que se qualifique como agência de viagem e turismo corresponde apenas aos valores da comissão ou do adicional percebido em razão da intermediação de serviços turísticos.
Um ponto de atenção importante: a mera nomenclatura empresarial de agência de viagem e turismo não garante que a receita tributável seja apenas o valor do serviço prestado, é necessário que o contribuinte exerça, de fato, a atividade de intermediação, e não operação em conta própria. Ou seja, antes de retificar qualquer coisa, vale reunir prova documental robusta de que a agência realmente atua por conta e ordem de terceiros (contratos com companhias aéreas/consolidadoras, comprovação de que os valores das passagens são repassados integralmente, extratos bancários evidenciando o trânsito e o repasse dos recursos etc.). Essa documentação será a peça central de defesa em qualquer questionamento futuro em processo administrativo ou judicial, a comprovação do exercício de atividade de intermediação é a instrução probatória de maior relevância.
2. Retificação da PGDAS-D
Sim, é o caminho correto e necessário. Pontos práticos:
Prazo: o prazo para retificação é de 5 anos contados a partir do 1º dia do exercício seguinte àquele ao qual se refere a declaração, conforme o art. 39 da Resolução CGSN nº 140/2018. Períodos fora desse prazo decadencial não podem mais ser retificados nem gerar restituição.
Efeito da retificação: a retificação tem a mesma natureza da declaração originariamente apresentada, substituindo-a integralmente, servindo tanto para reduzir quanto para aumentar débitos já informados.
Ordem de retificação: todos os meses afetados pela alteração da RBT12 (receita bruta dos últimos 12 meses, usada para definir a alíquota) precisam ser revistos, até a última competência transmitida como a alteração da receita de vários meses provavelmente mudará a faixa/alíquota de outros períodos, a retificação precisa ser feita em sequência cronológica, mês a mês, e não apenas nos períodos "isolados" do erro.
Se a nota reduz o imposto devido, o valor pago a maior pode ser objeto de pedido de restituição ou compensação com débitos futuros do Simples Nacional, feito pelo próprio Portal do Simples Nacional.
3. E as notas fiscais já emitidas?
Aqui a resposta é: normalmente não dá para simplesmente cancelá-las (o prazo de cancelamento de NFS-e costuma ser curto muitas prefeituras adotam algo entre 24h e alguns dias, e a substituição de NFS-e (mais adequada tecnicamente, pois preserva o histórico) tem prazos maiores, mas ainda limitados:
· A substituição pode ser feita em até 6 meses contados da data do fato gerador; depois desse prazo, não é mais possível substituir.
Dado que a divergência aparentemente se arrasta por competências antigas, é bem provável que boa parte das notas já esteja fora de qualquer prazo de cancelamento/substituição administrativa direta pelo sistema.
Alternativas práticas quando o prazo de cancelamento/substituição já passou:
· Para os períodos ainda dentro do prazo do sistema de NFS-e do município (isso varia de cada prefeitura tem sua regra e prazo), fazer a substituição da nota pelo valor correto (só a comissão), mantendo o histórico "nota substituída / nota substituta".
· Para os períodos fora do prazo de qualquer correção no sistema da prefeitura: não é possível alterar formalmente o documento fiscal já emitido, mas isso não impede a retificação da PGDAS-D. O que se recomenda é constituir um dossiê de regularização para cada competência, contendo:
i. memória de cálculo demonstrando o valor da comissão x valor total intermediado;
ii. os contratos/acordos comerciais com as companhias/operadoras que respaldam a comissão pactuada;
iii. comprovantes do repasse dos valores de terceiros (mostrando que o "excedente" nunca foi receita própria);
iv. um parecer técnico-contábil explicando o erro do contador anterior e a correção adotada. Isso não corrige o documento fiscal em si, mas monta a prova documental que sustenta a retificação da base tributável perante o Fisco, caso seja questionada.
Vale também confirmar junto à prefeitura (ISS) se ela aceita esse tipo de regularização por meio de nota explicativa/retificação de ofício quando o prazo sistêmico já se esgotou, muitos municípios têm procedimento administrativo específico para isso, ainda que fora do prazo automático do sistema.
· E, principalmente: corrigir o procedimento daqui para frente, emitindo a NFS-e apenas pelo valor da comissão (ou, quando a prefeitura exigir a discriminação do valor total da operação, discriminando claramente a comissão como base de cálculo do ISS), segundo posicionamento do fisco municipal, na NFS somente devem ser discriminados os serviços relativos à comissão, valores estes que serão oferecidos ao município para fins da tributação do ISS.
4. Restituição/compensação após a retificação
Sim, é possível, com dois limites importantes:
Prazo: tanto a restituição quanto a compensação devem ser solicitadas em até 5 anos, contados a partir da data do pagamento indevido ou a maior atenção que esse prazo conta do pagamento, não do fato gerador; e se algum DAS foi pago há mais de 5 anos, o direito já está prescrito e não há mais o que recuperar naquela competência.
Abrangência: a compensação só pode ser usada para tributos federais dentro do Simples Nacional, débitos estaduais e municipais, como ICMS e ISS, não entram automaticamente nesse processo. Se o ISS já tiver sido repassado ao município por convênio, o ajuste desses débitos (quando decorrentes da retificação no PGDAS-D) será feito pelo próprio Estado/Município, quando houver convênio firmado e os débitos já tiverem sido transferidos, ou pela RFB nos demais casos — na prática, para o ISS já convertido em dívida municipal, pode ser necessário pedido de restituição diretamente à prefeitura.
O procedimento é feito pelo Portal do Simples Nacional / e-CAC, na opção Simples Serviços > Restituição e Compensação.
5. Riscos de promover a regularização
Existem riscos, mas eles são muito menores do que manter a situação como está — e a forma de mitigá-los é a robustez da documentação, não a hesitação em corrigir. Principais pontos de atenção:
Risco de questionamento sobre a natureza da atividade: o Fisco pode entender que, se a agência emitiu nota pelo valor cheio durante anos e só "descobriu" a intermediação retroativamente, é preciso prova contemporânea (contratos, fluxo bancário) de que a intermediação sempre existiu de fato não uma reclassificação contábil sem lastro. Sem essa prova, há risco de autuação por suposta simulação ou de o Fisco entender que a agência operava por conta própria.
Volume de retificações concentradas: retificar vários meses de uma vez, com redução expressiva de receita declarada, tende a chamar atenção em malha fiscal/monitoramento da RFB. É recomendável que a retificação venha acompanhada, desde já, de toda a documentação de suporte (não esperar uma eventual notificação para só então reunir provas).
Efeito cascata na RBT12 e no enquadramento: como já mencionado, a correção de um mês pode alterar a alíquota de outros é preciso simular o efeito completo antes de transmitir, para não gerar diferenças a pagar inesperadas em algumas competências (o sistema compara tributo a tributo com o que já foi pago, gerando complemento onde faltar).
· Prescrição parcial: períodos anteriores a 5 anos não podem mais ser corrigidos nem gerar restituição, então parte do prejuízo relativo a pagamentos muito antigos pode simplesmente não ser recuperável, mas a exposição tributária relativa a esses períodos também não pode mais ser questionada pelo Fisco (decadência).
· ISS municipal: se o(s) município(s) já perceberam a receita bruta declarada (via convênio), a restituição pode depender de processo próprio na prefeitura, com regras e prazos que podem diferir dos federais.
Roteiro sugerido
Levantar todas as competências dentro do prazo decadencial de 5 anos com divergência entre nota emitida e receita real.
Montar o dossiê probatório da intermediação (contratos, comissões pactuadas, comprovantes de repasse, fluxo bancário) para cada período, comprovando que a agência nunca se apropriou do valor total das passagens.
Regularizar as notas fiscais que ainda estejam dentro do prazo de substituição/cancelamento no sistema municipal; para as demais, documentar formalmente a divergência e o motivo da correção.
Retificar a PGDAS-D em ordem cronológica, competência a competência, verificando o efeito sobre a RBT12 e o enquadramento em cada mês.
Solicitar restituição/compensação dos valores pagos a maior, dentro do prazo de 5 anos contado de cada pagamento, separando o que é tributo federal (compensável no Simples) do que é ISS já transferido ao município (pedido direto à prefeitura, se for o caso).
Ajustar o procedimento de emissão de notas fiscais dali em diante, para que reflitam apenas a comissão.