Boa noite!
No caso de empresas do Simples, elas estão dispensadas da entrega da ECD, o que não quer dizer que está isenta de registrar os livros contábeis. Nesses casos, você pode optar por fazer o registro dos livros na Junta Comercial, ou pelo envio da ECD.
A diferença, é que para registrar na junta, haverá o custo com as taxas do órgão, enquanto o envio da ECD não há custos.
Espero ter ajudado.