Olá, boa tarde!
Na verdade, não há isenção do envio da EFD-Contribuições quando há movimento, mesmo que seja um valor muito baixo. A regra é o próprio movimento. Só seria isento de enviar nesse mês, se de fato não houvesse nenhuma movimentação.
Como teve a emissão da nota, e logo isso caracteriza movimento, vai ser necessário enviar a declaração.
Espero ter ajudado.