Olá, bom dia!
Sim, seu pensamento está correto. Devido as mudanças, os sistemas contábeis precisam se adequar as novas e atuais regras.
Como tem tido erro no arquivo, entende-se que houve algum problema na geração desse arquivo pelo sistema, pelo menos num primeiro momento.
Neste caso, sugiro que faça contato com seu suporte novamente, para encontrar a melhor solução.
Espero ter ajudado.