Bom dia!
Neste caso, você precisa verificar a situação fiscal da empresa, para certificar das pendências exigidas pela RFB.
Com base nas pendências, você vai fazer o envio das declarações devidas. Por conta do prazo, vai ser gerado as multas por atraso.
Lembrando que precisa considerar o regime tributário da empresa, desde o desenquadramento até o momento, para fazer o envio das obrigações acessórias, assim como recolhimento de impostos.
Quanto ao desenquadramento, quando o MEI é excluído do SN ou do MEI, é necessário fazer o processo de desenquadramento na Junta Comercial do seu estado. Caso opte pelo encerramento, pode verificar se no seu estado, existe a possibilidade de dar baixa diretamente, sem fazer dois processos diferentes.
Espero ter ajudado.