Sim, existe um risco fiscal significativo nessa operação. A ausência de notas fiscais de entrada para os produtos que a empresa comercializa configura a prática de aquisição de mercadorias sem documento fiscal, o que é uma infração grave. Mesmo que o distribuidor venda apenas para pessoas físicas, a empresa não pode legalmente revender esses produtos se não conseguir comprovar a origem lícita e a regularidade do seu estoque.
Sobre o seu questionamento, o monitoramento fiscal pelas Secretarias de Fazenda não foca apenas na razão entre entradas e saídas. As autoridades fiscais utilizam cruzamentos de dados extremamente eficientes, como o SPED Fiscal e o cruzamento de informações de cartões de crédito e débito, para identificar discrepâncias. Se uma empresa declara vendas recorrentes de mercadorias sem possuir nota fiscal de compra correspondente, o Fisco entende que houve omissão de receitas ou comercialização de produtos sem procedência, o que pode levar a multas pesadas e até ao desenquadramento do Simples Nacional.
Quanto ao monitoramento da "razão contrária", ele ocorre na prática através da presunção de omissão de receita. Quando a fiscalização identifica saídas (vendas) sem a respectiva entrada, ela pode arbitrar o lucro e exigir o imposto sobre a totalidade da receita, presumindo que a falta de notas de entrada mascara uma operação irregular. Além disso, ao não comprar pela PJ, a empresa efetivamente não gera crédito de ICMS, mas ao vender sem nota de entrada, ela assume o risco de ser autuada pelo crime de sonegação fiscal e pela irregularidade do estoque.
O caminho legal e seguro para regularizar essa situação é orientar o cliente a exigir nota fiscal em todas as suas aquisições ou buscar fornecedores que emitam nota fiscal para pessoa jurídica. A venda de produtos sem documento fiscal de aquisição é insustentável a médio prazo, especialmente em estados como o Maranhão, onde o fisco estadual tem ferramentas modernas de monitoramento.