Olá Marcel. Boa tarde.
A sua linha de raciocínio sobre a tributação de fretes no Lucro Real está no caminho certo, mas existem particularidades cruciais no ICMS (regra do local do início da prestação e substituição tributária) e na tomada de créditos de PIS/COFINS que exigem atenção.
1. Regra do ICMS na Prestação de Serviço de Transporte
O princípio fundamental do ICMS sobre transportes é: o imposto pertence ao estado onde se INICIA a prestação do serviço (art. 11, II, "a" da Lei Complementar nº 87/1996 - Lei Kandir).
A) Transporte iniciado no estado da sede (Origem)
Se o caminhão sai do estado onde sua empresa está sediada, o ICMS é devido ao seu estado de origem.
O débito entra normalmente na sua apuração mensal do ICMS (GIA/EFD-ICMS/IPI) do seu estabelecimento.
B) Transporte iniciado em OUTRO estado (Coleta fora da sede)
Quando a transportadora busca uma mercadoria em outro estado para entregar na sede ou em um terceiro estado:
O ICMS não pertence ao seu estado de sede, mas sim ao estado onde a carga foi apanhada (início do frete).
Como recolher? Esse valor não entra na apuração normal/devedora da sua matriz/filial, exceto se você possuir inscrição estadual (IE) de substituto tributário ou filial naquele estado.
Formatos de recolhimento no outro estado:
Substituição Tributária do Frete (ST): Em muitos estados, quando uma transportadora não inscrita naquele local realiza o transporte, a responsabilidade pelo recolhimento do ICMS do frete é transferida para o remetente da mercadoria (tomador do serviço contratante situado naquele estado).
Recolhimento por GNRE: Caso o tomador não seja substituto, a transportadora precisa emitir e pagar uma GNRE (Guia Nacional de Recolhimento de Tributos Estaduais) a favor do estado de origem antes de iniciar a viagem (o comprovante deve acompanhar o CT-e).
2. Tomada de Créditos de ICMS
A regra geral para o ICMS permite o aproveitamento de créditos sobre insumos consumidos diretamente na prestação do serviço de transporte intermunicipal e interestadual.
A) Combustíveis, Arla 32 e Pneus
Sim, você pode tomar crédito de ICMS sobre a compra de combustível, lubrificantes, Arla 32 e peças/pneus aplicados na frota própria ou arrendada.
Atenção ao local da compra do combustível:
Combustível abastecido no seu estado: crédito entra na apuração do seu estado.
Combustível abastecido em outro estado em viagem: exige atenção às regras de cada UF. Alguns estados autorizam o aproveitamento do crédito do combustível adquirido fora via EFD, enquanto outros impõem restrições se a empresa não for inscrita localmente.
Opção pelo Crédito Presumido: O Convênio ICMS 106/96 permite que transportadoras optem por um crédito presumido de 20% sobre o ICMS devido. Se a empresa optar pelo crédito presumido, fica vedada a apropriação de qualquer outro crédito relativo a insumos (combustível, pneus, etc.). Vale realizar uma simulação para verificar qual modalidade (crédito real vs. crédito presumido) é mais vantajosa.
3. Tomada de Créditos de PIS e COFINS (Lucro Real - Não Cumulatividade)
No regime do Lucro Real, o PIS e a COFINS são apurados pelo regime não cumulativo (alíquotas de 1,65% e 7,60%, respectivamente).
A) Insumos Geradores de Crédito (Art. 3º da Lei nº 10.833/2003)
Na atividade de transporte de cargas, são considerados insumos diretos e dão direito ao crédito de PIS/COFINS:
Combustíveis e Lubrificantes: Consumidos diretamente na prestação do serviço (frota própria e arrendada).
Pneus, Peças de Reposição e Manutenção: Peças e serviços de oficina aplicados nos veículos da frota de transporte.
Arla 32 e insumos operacionais.
Aluguel de Veículos/Equipamentos: Pagos a pessoa jurídica e utilizados nas atividades da empresa.
Subcontratação de Frete (TAC / Balsa / Terceiros): Quando a transportadora subcontrata outra empresa de transporte (PJ) ou um transportador autónomo para realizar trecho do serviço, há regras específicas para apurar crédito sobre o frete subcontratado (art. 3º, IX da Lei nº 10.833/2003).
B) Principais Regras e Cuidados com PIS/COFINS
Frete com Alíquota Zero / Não Tributado: Fique atento à exclusão do ICMS da base de cálculo do PIS/COFINS (Tema 69 do STF) e às saídas com suspensão ou alíquota zero.
Apenas Documentos Fiscais Válidos: Os créditos devem ser suportados por notas fiscais idôneas de aquisição de bens e serviços emitidas por PJs (aquisições de pessoas físicas em geral não geram crédito de PIS/COFINS, salvo exceções legais como o frete de autônomos com alíquotas reduzidas de retenção).
Espero ter ajudado.

