Olá, bom dia!
Entendo que deve-se observar o CNAE que de fato é utilizado. As vezes, mesmo tendo alguns outros CNAEs, a empresa não exerce outras atividades por exemplo, somente a principal.
Mas de forma geral, entendo que deve usar como regra, o CNAE utilizado de fato. Como há a regra de estado para estado, é importante verificar se não há essa ponderação na legislação do seu estado, para ter um amparo jurídico.
Espero ter ajudado.


