Boa noite!
O cálculo do Fator R não utiliza os dados do mês corrente, mas sim o acumulado dos 12 meses imediatamente anteriores ao período de apuração. No seu caso, no mês de abril seria apurado como sem registros de folha de pagamento. Apenas em maio é que o sistema considerará o movimento de abril.
Em empresas com início de atividade, é feito a média ponderada. E aí neste caso em específico, você considera o movimento do primeiro mês para fins de média ponderada.
Espero ter ajudado.