Boa noite!
Pelo que entendo, o maior problema de ignorar esse erro é a inconsistência fiscal gerada nos sistemas de cruzamento de dados da Receita Federal e do eSocial.
Embora o CFOP 5.905 indique que não há transferência de propriedade e, portanto, não deveria haver incidência de tributos sociais, o fato de o valor do Funrural ter sido destacado no campo próprio da nota fiscal cria uma obrigação tributária declarada.
Para o fisco, se o imposto foi destacado, ele passa a ser considerado devido por quem emitiu ou por quem deveria retê-lo. Se o seu cliente não recolher esse valor, ele poderá ser cobrado futuramente com juros e multas pesadas, pois o sistema acusará uma falta de pagamento de um valor que a própria nota fiscal diz ser devido.
Além disso, o destinatário da mercadoria (o depósito) pode ter problemas em sua própria escrituração, pois terá em mãos um documento fiscal com erro de destaque, o que pode impedir o encerramento correto da operação de remessa quando o produto for vendido ou devolvido.
A denúncia espontânea, embora pareça burocrática, é o mecanismo que protege o produtor de uma autuação por infração, permitindo que ele corrija o erro antes de qualquer procedimento de ofício da Receita. Se vocês optarem por não fazer nada, o produtor fica exposto a uma fiscalização que pode interpretar o destaque indevido como uma tentativa de gerar créditos ou apenas como inadimplência, além de dificultar a emissão de Certidões Negativas de Débito no futuro.
Espero ter ajudado.
