Boa tarde!
Pelo que entendo, a tributação incide apenas sobre a diferença positiva entre o valor de venda e o custo contábil do bem (valor de compra menos depreciação). Só é considerado ativo imobilizado (ganho de capital) se o bem foi mantido por mais de 12 meses. Se vendido antes, o valor total integra a receita bruta.
Em regra, despesas com comissões de corretagem para venda de imóveis não podem ser deduzidas do ganho de capital para pessoas jurídicas, ao contrário das pessoas físicas.
De qualquer forma, é importante ter toda a escrituração correta dos valores que integram o custo ou a venda, para ter como comprovar se for o caso.
Espero ter ajudado.