Olá Ana
Se o frete era realmente por conta do destinatário (FOB), contratado pelo próprio cliente e o CT-e foi emitido para ele, normalmente o valor do frete não compõe a base de cálculo do ICMS da venda da indústria, não havendo necessidade de complemento de ICMS nem emissão de NF complementar. Porém, se o frete deveria ter integrado a operação, por exemplo, quando a empresa vendedora contratou o transporte, cobrou o valor do cliente ou apenas informou incorretamente como FOB, então será necessário emitir uma NF-e complementar referente ao frete omitido e recolher a diferença do ICMS.
Nesse caso, como o imposto será pago após o vencimento original, podem incidir juros e multa conforme a legislação da UF, embora em muitos estados a regularização espontânea antes de fiscalização possa reduzir penalidades. Também é importante verificar possíveis reflexos em PIS e COFINS, especialmente no Lucro Real.
Espero ter ajudado.
