Olá Ana
O destaque do ICMS no CT-e está correto mesmo que a transportadora emitente não seja a responsável pelo recolhimento do imposto. Nesse caso, a transportadora continua sendo a prestadora do serviço e, por isso, deve destacar normalmente o ICMS no documento fiscal, enquanto a legislação de SC apenas transfere a responsabilidade pelo recolhimento ao remetente. Assim, o imposto continua vinculado à prestação de transporte, apenas mudando quem efetivamente paga ao Estado. Em regra, esse destaque pode gerar crédito de ICMS para o tomador indicado no CT-e, desde que ele seja contribuinte do imposto, esteja no regime normal e utilize o frete em operação tributada. O fato de o recolhimento ser feito pelo remetente não impede, por si só, o aproveitamento do crédito.
Espero ter ajudado.