Bom dia, Rosa,
A dúvida é bem comum e realmente gera bastante confusão, porque o que existe não é uma isenção pura e simples de IRPJ e CSLL para as cooperativas, mas sim um regime de tributação diferenciado que decorre da própria natureza do ato cooperativo.
A base legal está principalmente na Lei 5.764/1971, no artigo 79, que define o ato cooperativo como aquele praticado entre a cooperativa e seus associados, entre associados e a cooperativa, ou entre cooperativas associadas entre si, para a consecução dos objetivos sociais. O mesmo artigo estabelece que o ato cooperativo não implica operação de mercado, nem contrato de compra e venda de produto ou mercadoria. É justamente por essa razão que o resultado positivo decorrente exclusivamente de atos cooperativos, chamado de sobra, não é considerado lucro para fins fiscais, e por isso não sofre incidência de IRPJ e CSLL. Não se trata tecnicamente de uma isenção, mas de uma não incidência, já que a legislação entende que ali não houve lucro no sentido econômico e jurídico do termo, e sim um repasse de valores entre a cooperativa e seus cooperados.
O Regulamento do Imposto de Renda, no Decreto 9.580/2018, trata desse tema nos artigos que cuidam da tributação das sociedades cooperativas, reafirmando essa lógica: enquanto a cooperativa se restringir a atos cooperativos, ou seja, operações realizadas com os próprios associados dentro da finalidade social prevista no estatuto, não há incidência do imposto sobre esse resultado.
No caso específico de uma cooperativa de transporte escolar, é preciso ficar atento porque nem toda receita que passa pela cooperativa se enquadra como ato cooperativo. Se a cooperativa recebe dos pais, das escolas ou do poder público o valor pelos serviços prestados pelos cooperados transportadores e apenas repassa esse valor aos associados, retendo uma taxa de administração para cobrir suas despesas operacionais, essa operação é considerada ato cooperativo e o resultado obtido não é tributado pelo IRPJ e pela CSLL.
Por outro lado, se a cooperativa realiza operações com terceiros não associados, por exemplo prestando serviço de transporte com veículo próprio conduzido por funcionário contratado que não seja cooperado, obtendo receitas financeiras relevantes, ou praticando qualquer atividade estranha à finalidade social prevista no estatuto, o resultado positivo dessas operações é considerado ato não cooperativo e passa a ser normalmente tributado pelo IRPJ e pela CSLL, exatamente como ocorreria com qualquer outra pessoa jurídica.
Também vale lembrar que as cooperativas, de modo geral, são impedidas de optar pelo Simples Nacional, com exceção das cooperativas de consumo, conforme prevê a Lei Complementar 123/2006 no artigo 17. Isso significa que a cooperativa de transporte escolar normalmente vai apurar seus resultados pelo Lucro Real ou pelo Lucro Presumido, sendo o Lucro Real o regime mais utilizado justamente por permitir segregar com mais clareza os resultados de atos cooperativos e não cooperativos.
Um ponto importante na prática contábil é que a cooperativa precisa manter uma escrituração que separe claramente os resultados de atos cooperativos dos resultados de atos não cooperativos, já que essa segregação é o que sustenta a não incidência sobre a parcela relativa aos associados. Além disso, as sobras apuradas precisam seguir a destinação prevista na legislação cooperativista, com constituição do Fundo de Reserva e do Fundo de Assistência Técnica, Educacional e Social, o FATES, antes de qualquer distribuição aos cooperados. Sobras que não sigam essa destinação legal também podem ser questionadas pelo fisco e acabar sendo tributadas normalmente.
Resumindo de forma direta, a cooperativa de transporte escolar não é isenta de IRPJ e CSLL de forma ampla e irrestrita. O que existe é a não incidência sobre o resultado dos atos cooperativos, desde que a cooperativa realmente restrinja sua atuação aos serviços prestados por meio dos próprios cooperados e observe corretamente a legislação cooperativista quanto à destinação das sobras. Qualquer resultado decorrente de operações com não associados ou de atividades fora da finalidade estatutária entra na tributação normal.