Boa noite, como vai?
Sim, sendo autônomo, é obrigatório o recolhimento do carnê leão.
Algumas prefeituras fiscalizam com frequência quando o autônomo não “presta serviços” depois de escolher a opção do ISS variável, e costumam alterar automaticamente para o formato do ISS fixo.
No seu caso, se há a prestação de serviço, é importante se manter regular com a emissão da nota fiscal por exemplo, para evitar que isso ocorra.
Espero ter ajudado.