Boa tarde!
Acredito que não, visto que se trata do mesmo município, tanto para prestação quanto para a tomada do serviço.
Pelo que entendo, o ISS não incide sobre as atividades da cooperativa quando ela atua apenas na coordenação, planejamento e repasse de valores dos serviços médicos realizados pelos seus associados (cooperados).
Espero ter ajudado.