Olá, bom dia!
A dúvida ficou um pouco confusa, mas vamos lá.
Via de regra, quando o aluguel é pago de uma PJ à uma PF, a empresa que paga o aluguel deve reter na fonte os impostos devidos, conforme tabela progressiva de IR.
Quando o aluguel é pago de uma PF para outra PF, então deve ser feito a apuração pelo carnê-leão, pela pessoa que recebe esses valores. Nesse caso, vai pagar o imposto de renda mensalmente, calculado pelo carnê-leão, conforme tabela progressiva de IR.
Essa seria a principal diferença, quando o rendimento de aluguel é recebido de uma PJ ou de uma PF.
Espero ter ajudado.