Olá Wesley
Você está correto em levantar o faturamento pelos extratos bancários para retificar os PGDAS zerados e entregar os que estão em aberto, pois o PGDAS deve refletir a receita real auferida, independentemente da emissão de notas fiscais. A DEFIS também deve ser entregue com base nesses dados corrigidos, garantindo coerência com o PGDAS, mesmo que não bata com as notas emitidas.
Quanto à emissão de notas, sua orientação está certa no sentido de regularizar a partir de agora, mas a melhor prática é estruturar isso de forma sustentável. A emissão de nota global (diária ou até mensal, se o município permitir) para vendas via Pix, QR Code e transferência é aceitável, desde que haja controle interno que comprove esses valores. O mais importante não é a falta de nota em si, mas sim evitar omissão de receita, já que o Fisco cruza principalmente movimentação financeira.
O acerto realmente pode (e deve) ser estratégico, primeiro regularize a parte fiscal (PGDAS e DEFIS), depois ajuste a parte documental de forma controlada, evitando sair emitindo notas retroativas sem critério. Além disso, é essencial revisar o desenquadramento do MEI, validar CNAE e anexo do Simples, verificar impactos municipais (ISS), e avaliar possível inconsistência no IRPF devido à distribuição de lucros informada sem base.
Espero ter ajudado.