Olá Kenia
Pelo que você descreveu, eu não faria apenas a entrega das declarações pendentes e a baixa da empresa sem antes analisar o período entre a exclusão/desenquadramento e a data da baixa. O fato de os valores terem sido recebidos na conta da pessoa física não define, por si só, que a receita é da pessoa física. Se os serviços prestados correspondem à atividade do CNPJ e a atividade empresarial continuou sendo exercida após a exclusão, há forte fundamento para tratar esses valores como receita da empresa, caracterizando apenas uma confusão patrimonial pelo recebimento no CPF. Nessa situação, o mais prudente é reconstruir a movimentação do período, reconhecer as receitas, elaborar a contabilidade retroativa, apurar os tributos devidos no regime aplicável após a exclusão e regularizar as obrigações acessórias antes de promover a baixa.
Por outro lado, se ficar comprovado que, após a exclusão, ele passou a atuar efetivamente como pessoa física/autônomo, contratando e prestando serviços em nome próprio, pode haver argumento para tratar os recebimentos como rendimentos da PF. Portanto, a decisão depende da análise da realidade dos fatos, quem contratou, em nome de quem o serviço foi prestado, se houve emissão de notas e qual foi a continuidade da atividade econômica. Sem essa verificação, baixar a empresa sem apurar o período pode gerar inconsistências e riscos futuros em fiscalizações e cruzamentos de dados.
Espero ter ajudado.
