Boa noite! Vou direto ao ponto, porque esse é um erro comum de interpretação sobre o MIT: o MIT não tem campo para lançar "crédito" de PIS/COFINS, ele só recebe débitos (o Manual de Orientação do MIT é claro nisso: a aba "Débitos" registra apenas os tributos apurados a pagar no período; não existe aba de créditos para essa finalidade).
O que isso significa na prática:
A apuração dos créditos da não cumulatividade (insumos, energia, aluguéis, depreciação etc.) continua sendo feita na EFD-Contribuições, como sempre foi. É lá que você compensa o débito (9,25% sobre a receita) com os créditos do período.
Se o crédito apurado na EFD-Contribuições for maior que o débito, o resultado líquido de PIS e de COFINS naquela competência é zero, não há valor a recolher.
Nesse caso, você simplesmente não inclui código de receita de PIS/COFINS no MIT para aquele período (só inclui se houver outro tributo com débito a declarar; se não houver nenhum tributo com débito, aí sim cabe gerar o MIT "sem movimento").
O saldo credor excedente não é declarado como valor negativo em lugar nenhum, ele simplesmente permanece registrado na escrituração (EFD-Contribuições) e é transportado para os meses seguintes, sendo abatido automaticamente contra os débitos futuros até se esgotar.
Se você quiser pedir ressarcimento ou compensar esse saldo com outros tributos (via PER/DCOMP), isso é feito à parte, com base na EFD-Contribuições, não pelo MIT.
Resumindo: MIT = confissão de dívida (débito líquido a pagar).
Se não sobrou débito porque o crédito foi maior, não há nada a "declarar" no MIT para PIS/COFINS naquele mês o controle do saldo credor fica todo na EFD-Contribuições.
