Olá, bom dia!
Como o prestador de serviço não é contribuinte do ICMS (não possui Inscrição Estadual), ele não pode emitir NF-e de retorno para acobertar o transporte das peças, pois não possui sistema emissor autorizado pela Sefaz.
Nessa situação, o procedimento correto segue o entendimento de que a responsabilidade pela regularização da entrada/retorno é do fornecedor que enviou os insumos (o encomendante).
Espero ter ajudado.