Olá Nataly
Não escriturar gera mais risco do que escriturar com ressalva. O caminho mais seguro é registrar as operações e gerenciar o risco da inconsistência do sistema. Ultilize todas as informações disponíveis (número, prestador, valor, data), porque o fato gerador ocorre com a prestação do serviço, não depende da formatação perfeita do documento.
Espero ter ajudado.