Olá Leticia
O caminho correto é primeiro tentar o cancelamento extemporâneo da NF de devolução na SEFAZ com justificativa; se não for possível, deve-se regularizar por meio de uma NF-e de ajuste emitida pelo MEI para anular os efeitos da devolução que não ocorreu, usando CFOP genérico de ajuste (como 5.949/6.949 ou equivalente do estado), e o fornecedor mantém a NF original de venda, fazendo apenas ajuste contábil e de estoque internamente, sem necessidade de forçar NF de entrada, pois o problema não é CFOP, mas sim a inconsistência fiscal gerada por uma devolução registrada sem fato gerador real.
Espero ter ajudado.