Olá Eliane. Bom dia.
Por regra geral (Artigo 4º, IV do RICMS/SP), a devolução tem o objetivo de anular todos os efeitos da operação anterior. Isso significa que, rigorosamente, a devolução deveria partir do mesmo CNPJ/Inscrição Estadual (IE) que adquiriu a mercadoria na nota original. Como a filial foi baixada, ela perdeu a personalidade fiscal para emitir documentos.
A SEFAZ/SP trata esse cenário por meio de Respostas a Consultas Tributárias (como as RC 29850/2024 e RC 29495/2024). O entendimento oficial e o caminho prático para resolver isso envolvem os seguintes pontos:
1. O Cenário da Transferência Interna Prévia
Você mencionou que a mercadoria foi transferida da filial para a matriz antes do encerramento.
Legalmente, no encerramento de um estabelecimento, o estoque final deve ser totalmente destinado/baixado (Artigo 3º, I do RICMS/2000 presume a saída das mercadorias na data do encerramento).
Se a matriz recebeu essa mercadoria em transferência (CFOP 1.152/2.152), o estoque hoje está formalmente na matriz.
2. A Matriz Pode Emitir a Nota de Devolução Direta?
A rigor, não de forma automática associada à NF de compra original. Como o fornecedor original vendeu para o CNPJ da filial, se a matriz emitir uma nota de devolução (CFOP 5.201/5.202 ou 6.201/6.202) referenciando uma chave de acesso de outra Inscrição Estadual (a da filial extinta), o sistema de validação da NF-e ou a escrituração do fornecedor pode acusar inconsistência, pois adquirente original e devolvente divergem. O fornecedor geralmente recusa o recebimento por receio de glosa de crédito do ICMS.
Para resolver esse impasse sem gerar riscos fiscais para você e para o fornecedor, existem dois caminhos:
Caminho A: Acordo Comercial e Recusa/Emissão pelo Fornecedor (Se aplicável)
Se o fornecedor concordar em cooperar, avalie se é possível emitir uma NF-e de entrada por parte dele para anular a operação, com base no trâmite físico da mercadoria saindo da matriz. Contudo, devido ao descompasso de CNPJs, os departamentos fiscais dos fornecedores costumam resistir a essa alternativa.
Caminho B: Procedimento de Posto Fiscal (O caminho oficial da SEFAZ/SP)
Nas Respostas a Consultas de casos idênticos, a Consultoria Tributária de São Paulo orienta textualmente que:
Quando o estabelecimento adquirente original foi encerrado, o contribuinte (matriz) deve se dirigir ao Posto Fiscal de sua jurisdição.
A matriz deve apresentar uma petição formal relatando o caso (provas de que a filial foi encerrada regularmente, que o estoque foi transferido para a matriz antes do fechamento e a necessidade de devolução ao fornecedor). O Posto Fiscal emitirá uma autorização expressa (regime especial ou despacho administrativo) ditando como a nota da matriz deve ser emitida e qual fundamentação legal/observação deve constar nos dados adicionais para que o fornecedor possa aceitar a devolução e creditar-se do imposto legalmente.
Espero ter ajudado.