Sim, isso é totalmente possível. A Nota Fiscal de Serviço eletrônica (NFS-e) de São Paulo não é emitida ou obrigatoriamente sincronizada no Portal Nacional da NFS-e. A capital paulista possui um sistema próprio e independente.
Além disso, falhas na sincronização de dados ou instabilidades no emissor simplificado podem gerar documentos com formatações diferentes do padrão.
O que pode ter acontecido?
Sistema Municipal (SP): O prestador emitiu a nota diretamente pela plataforma da Prefeitura de São Paulo. Você deve consultá-la exclusivamente no Portal da Prefeitura de São Paulo.
Problema de Sincronismo Nacional: O ambiente da NFS-e padrão nacional passa por instabilidades frequentes e atrasos na sincronização de documentos emitidos em sistemas municipais próprios, o que explica a ausência no portal nacional.
Layout Diferente (PDF): A Nota Paulistana possui um formato de impressão próprio. O formato PDF que você recebeu é o documento válido, desde que contenha o código de verificação para autenticação.