Olá Renata
O procedimento mais utilizado e tecnicamente mais adequado costuma ser a emissão de NF com CFOP 5.949 (ou 6.949 se interestadual), por se tratar de entrega de produção em pagamento de contrato de arrendamento e não exatamente uma venda mercantil comum. O CFOP 5.101 normalmente é utilizado quando há efetiva venda da produção ao adquirente. Na nota, recomenda-se descrever a natureza da operação como “Pagamento de arrendamento rural em produto” ou “Entrega de soja em pagamento de arrendamento rural”, utilizando o valor de mercado dos grãos. Quanto ao FUNRURAL, em regra há incidência, pois a entrega dos grãos caracteriza comercialização da produção rural, ainda que não haja recebimento em dinheiro. Como o arrendador é pessoa física, normalmente não ocorre sub-rogação, permanecendo o próprio produtor rural responsável pelo recolhimento do FUNRURAL sobre o valor da operação. Também é importante verificar a legislação da UF quanto ao tratamento do ICMS e eventual diferimento da soja.
Espero ter ajudado.
