Sim, você pode emitir a guia para o pagamento da diferença através do SicalcWeb.
Como a compensação via PER/DCOMP é parcial, o saldo remanescente do imposto deve ser recolhido normalmente para evitar a incidência de acréscimos moratórios sobre essa parte não compensada. Utilize o mesmo código de receita, que costuma ser o 2372.
E não esqueça de fazer a vinculação na DCTFWEB.
Espero ter ajudado.